(1)、因衣原体、支原体病菌感染到人体内、急性期没有及时彻底治疗。会导致今后的治疗带来一定的难度，尤其是有并发症的治疗必须要选用新药物、新疗法才敏感的治疗方法，才能有望彻底根治，不留后遗症。

　　(2)、对组织培养中沙眼衣原体有效的药物是利福平和四环素。与淋球菌不同，衣原体尚未发现明显抗药性。

　　(3)、环丙沙星治疗疗效欠佳，故不宜用与非淋菌性尿道炎治疗。

　　(4)、对耐四环素的菌株，应使用抗这种微生物的抗生素——克林霉素或哇诺酮类药物。

　　(5)、支原体感染可引起持续性或复发性尿道炎，治疗需采取四环素或大环内醋类长期治疗。

　　(6)、孕妇禁用四环素或氟喹诺酮类药物，可用红霉素。